真菌肺炎是由于真菌感染造成的肺炎，常见的真菌感染主要有两类：一是念珠菌感染，相对症状较轻，基础抵抗力比较差者病情较重；二是霉菌感染，相对治疗较好，但相对治疗疗程要长，且药物副作用相对较大，急性感染、基础抵抗力较好者，绝大部分都能治愈，特别是急性感染都能治愈，但治疗时间较长，至少3个月到半年。如果出现慢性感染，时间更长，如果出现半侵袭性，治疗时间长且部分不能完全治愈。如霉菌球半侵袭性，也是伴感染性质，单纯药物治疗效果不好，个别需要外科手术切除。

其它真菌，包括隐球菌多不需要治疗，如果抵抗力下降可能会有进展，需要药物治疗，个别需要手术切除。肺孢子菌目前发病率也高，作为真菌，往往发生于抵抗力下降的艾滋病、糖尿病患者，如果机体抵抗力较好，治疗比较及时，大部分都能治愈。所谓不能治愈患者往往身体状况不良，抵抗力相当差，特别是一些基础疾病，如肿瘤终末期合并感染往往不易控制。许多患者，包括一些老年人所谓的无疾而终，研究发现绝大部分都有肺部感染，对于真菌相对更复杂。