怀孕3个月发生阴道出血的原因，主要有以下几种：

1、先兆流产：需及时复查B超，观察胎芽和胎心是否正常。如果胎芽和胎心都正常，且没有胎盘异常出血，可以先暂时观察，经过休息后会逐渐缓解；

2、流产：此时表现为阴道出血，伴有腹疼。如果腹疼逐渐加重，且有组织样的物质排出，表示为难免流产，需到医院及时就诊。如果只是轻微出血和轻微腹疼，可进行适当的保胎治疗；

3、孕酮水平低：造成腹部下坠感或阴道出血，要及时补充孕酮，可口服地屈孕酮片或黄体酮胶囊，也可肌注药物，选择何种方法进行补充，主要根据产科大夫的意见。如果出血非常多，孕酮值非常低，而宫内B超提示胎芽和胎心良好，可采用肌注黄体酮。如果出血较少，可在家口服孕酮保胎。