尿毒症最佳的治疗一方面是替代治疗，另一方面是其它代谢功能的支持治疗。尿毒症是各种原因引起肾脏损伤到了不可逆的终末状态，所以一旦诊断了尿毒症，肾病就无法逆转，所以这时不是如何逆转疾病，而是如何去替代肾脏，使得病人的生命能够维持下去。现在比较成熟的替代肾脏的技术有血液透析、腹膜透析，有条件的病人还可以做肾移植，相对透析来讲，肾移植病人的生活质量会更高。血液透析和腹膜透析对于病人来说，做透析会花费一定的时间和精力，但还是能够维持病人的生命，病人的生活质量有比较好的保证。

除了肾脏替代治疗之外，还需要辅助药物治疗，因为肾脏除了排毒、排水之外，还有其他调节人体代谢的作用，透析不能替代这些作用。做透析的病人往往还需要用补铁的药物，打促红细胞生成素促进造血，有些病人有高磷血症，可能还需要吃含钙或不含钙的磷结合剂来调节钙磷代谢。有些病人有甲状旁腺功能亢进，还需要用药物来控制。