真菌性鼻窦炎目前分两大类，非侵袭性真菌性鼻窦炎和侵袭性真菌性鼻窦炎。非侵袭性真菌性鼻窦炎临床上最常见，主要包括真菌球，真菌球主要的致病菌是曲霉菌或者念珠菌，另外，还有一类非侵袭性是变应性真菌性鼻窦炎，这两种都属于非侵袭性真菌鼻窦炎。

另外一大类是侵袭性真菌性鼻窦炎分急性侵袭性和慢性侵袭性，这两种侵袭性鼻窦炎主要的致病菌是毛霉菌，也有一部分曲霉菌。侵袭性和非侵袭性的发病原因不完全相同，预后的效果也不完全相同。假如真菌球，若手术中间把真菌球清理干净以后，复发非常少。而变应性真菌性鼻窦炎，虽然手术以后手术很彻底，但是复发率非常高，达到90%以上。为什么变应性真菌性鼻窦炎复发率这么高，不但有真菌因素而且有变态反应因素，这部分患者往往复发率非常高。

侵袭性真菌性鼻窦炎，不能光靠手术治愈此病，还需要抗真菌药。侵袭性真菌性鼻窦炎一定要使用抗真菌药物，首选抗真菌药物是两性霉素B。因为是致病菌而且是侵袭性真菌性鼻窦炎，发病条件前提是患者合并免疫功能低下，或者长期有别的疾病，使用化疗药物、使用免疫抑制剂，或者糖尿病没有得到良好控制，导致整个机体免疫系统出现问题，在这个基础上发生侵袭性真菌性鼻窦炎，正常人群不易发生。侵袭性真菌性鼻窦炎光靠手术解决不了问题，还需全身抗真菌药物治疗，而且通过治疗后，免疫功能不能得到完善，照样也会复发。