大多数腰椎间盘突出的病人不需要手术，通过药物治疗和卧床休息都会缓解，只有少数发病时间超过3个月或一开始就剧烈疼痛的病人需要手术。还有一些严重的病例，突出的髓核特别巨大，造成椎管狭窄，会压迫坐骨神经，引起马尾综合征。这是腰椎间盘突出最严重的一个并发症，甚至可以导致病人大小便失禁、下肢瘫痪，这种情况需要马上手术。
即使接受手术，病人也会有很多后遗症，包括大小便功能控制不好，性功能障碍，下肢的行走能力下降。如果腰椎间盘突出合并椎管狭窄，病情会更加严重，不但会有坐骨神经痛，还会有间歇性跛行的症状，需要手术治疗。通常保守治疗是没有效果的，传统的手术包括腰椎后路的融合内固定。
现在对于一些年纪较小的轻中度椎管狭窄症病人，可以采取全内镜下的椎管扩大减压术。对于年龄较大，同时还有腰椎不稳定和滑移的病人，习惯采用全内镜下的腰椎减压融合术。对于一些症状比较严重的病人，还可以采取侧方入路，病人可以侧卧位，在肚子边上开一个小口，大概2-3公分，把扩张器放进去，然后把肌肉分开，这样可以直接看到椎间盘，进行切除，然后把融合器打到里面，把椎间盘撑开，撑开以后椎管也会扩大，这样也可以治疗椎管狭窄症。但对于一些比较严重的椎管狭窄症，比如重度狭窄症，以上方法都不够治本，还需要更加激进一点的办法，进行传统的手术入路，在后方开一个7-8公分的切口，然后把两个椎体用钉子固定起来，把多余的骨头，包括骨刺全部凿掉，把黄色的神经全部显露出来，让椎管得到充分的减压，最后把钉子固定起来，前方还要放入一个融合器，这样才能将节段治疗好。