月经干净以后的腰疼，不是完全正常的生理情况，腰疼有很多原因，与妇科有关的原因有盆腔炎症，会导致腰疼。其他的方面，如腰椎有问题或者腰肌劳损，甚至肾脏存在问题时，都可能引起腰疼。

所以月经干净后，腰疼比较严重，若与妇科有关，需要去排除有无盆腔炎性疾病，如果有比较严重的腰疼，还需要对泌尿科及骨科相关的疾病进行排查。如果上述问题都无异常，腰疼不是很严重，则可以先观察，因为确实是存在一些查不清楚原因的腰痛，如子宫内膜异位症引起比较严重的腹痛，如果异位到盆腔里，也会引起腰骶部疼痛。

所以需要先排除器质性问题，再考虑是否为生理情况。