肛瘘手术方式有肛瘘切开、肛瘘切除、肛瘘挂线治疗及其它方法。不同病情、不同手术方式，术后疼痛不一样。单纯肛瘘切开或肛瘘切除，因为是低位肛瘘，术后疼痛程度较轻，无需特殊治疗，只需通过坐浴或口服止痛药物即可。
对于复杂性肛瘘应挂线治疗，挂线治疗会对肛门括约肌造成牵拉，慢性切割会造成疼痛，部分复杂性肛瘘手术挂线后需剪线，会造成相应疼痛。此外，肛瘘术后排便或换药物时对创面刺激也会引起疼痛，疼痛程度主要取决于病变严重复杂程度，病变波及范围大小，手术创面的多少、大小，和采取治疗方法、患者对疼痛耐受程度。
临床上可通过采用不同方法来减轻术后疼痛。手术时可用长效麻药物封闭肛周神经，使肛区神经敏感度下降。排便之后进行局部清洗以后温水坐浴，创面使用物理镇痛技术，全身或创面运用镇痛药物均可不同程度减轻疼痛，减轻患者疼痛感。
