高位复杂型肛瘘因肛瘘内口位置较高，一般高于齿状线以上或瘘口窦道较多，手术时应充分暴露内口，清除感染组织病灶及窦道组织，为达理想疗效预防复发，高位复杂性肛瘘手术创面较大、深度较深、数量较多。伴随医学发展，学者逐渐认识到开放治疗与保持肛门功能之间的矛盾关系，因此对高位复杂性肛瘘必须保持肛门括约肌功能越来越受到重视。目前为保护肛门括约肌功能，部分窦道不能完全切除，需挂线治疗形成对肛门括约肌慢性切割作用，达到慢性瘢痕愈合。保存肛门括约肌功能，目前主要有以下几种手术方式：
1、内口缝合药物托管法；
2、内口封闭管道引流；
3、分段接力挂线治疗，浅部切开，深部挂线治疗；
4、高位复杂性肛瘘挂线治疗；
5、部分特别复杂肛瘘需分三期实施，Ⅰ期，窦道开放，充分引流复杂性肛瘘使其成为单一创面。Ⅱ期完全闭合伤口，同时修补括约肌，对缺损皮肤进行皮瓣移植。Ⅲ期填塞闭合不严的缝隙，消除并发症，使肛门括约肌恢复原有功能，通过手术及康复治疗，患者控制稀便能力会明显好转。
