器质性疾病和功能性疾病最简单的区分方法，是有无肿瘤，或者有无明确原因的疾病。如果女性出现不规则出血，可以找到原因，比如因肌瘤、息肉，或者女性凝血系统有问题，这些均能明确找到原因，称为器质性疾病。如果无法明确原因，前提是排除器质性病变后，如进行B超检查，发现无赘生物，检查血液系统，无凝血功能障碍，则大多数是因内分泌失调所导致，这类病因称为功能性疾病。
如果腹泻或肠梗阻是肿瘤所导致，则属于器质性疾病。但是如果进行B超、造影以及各种消化道检查，如胃镜、肠镜，并未发现原因，则考虑是肠道蠕动功能异常所导致。这种疾病属于功能性疾病，功能性疾病的严重程度小于器质性疾病。
