小肠镜分为单气囊小肠镜和双气囊小肠镜，在做小肠镜时，需在全麻下按手术进行准备，所以需住院。住院后需完善术前相关化验检查，评估麻醉风险，小肠镜风险。因为整个小肠镜过程时间较长，全麻状态下需气管插管、插尿管，整个过程可能需4-5小时，甚至更长时间。
小肠镜检查可能需经口做一部分，经肛做一部分，需观察是否顺利。因为小肠较长，如果从上做则包括胃的部分，从下做则包括大肠，所以需两头做进行对接。另外小肠镜存在风险，比如撕裂、穿孔、出血、胰腺炎等，且治疗后即小肠镜检查完后，也需做相应观察，所以小肠镜需住院治疗。
