肛瘘的治疗，对于简单、急性的肛瘘，可以通过局部用痔疮栓、痔疮膏，消炎、消肿促进愈合的药物进行治疗。另外，还需要调节作息时间，不要熬夜、抽烟、喝酒，因为以上因素都可以降低人免疫功能，影响愈合时间。对于保守治疗无效的情况，可以采用药物或者其它治疗方法，比如可以用消炎药物。还可以用生物蛋白胶从外口内注入，填塞窦道，使局部组织得到修复。
目前最常用的是手术治疗，绝大部分肛瘘只有手术才能解决。手术根据肛瘘位置和复杂、单纯性分类，选择不同方法。一般单纯性低位肛瘘，完全可以采用肛瘘切除术或者窦道切开术，慢慢让其修复生长。对于高位复杂性肛瘘，一般都需要采用主灶切开，其它副病灶用挂线引流，或主灶直接也用挂线。挂线也是治疗肛瘘的常用方法，主要也分引流性、慢性切开挂线，医生会根据病情进行正确选择。
