肝外胆管结石的治疗大概分成保守治疗和外科治疗，通常治疗肝外胆管结石以手术治疗为主。病人的炎症比较厉害的时候，要先控制炎症，进行保守治疗为下一步的手术治疗做准备。对于肝外胆管结石的治疗，尽量把结石取净，解除胆道的梗阻。有些伴有胆管狭窄的肝外胆管结石，还要注意切开狭窄的胆管整形，术后要保持胆汁的引流通畅。近年来对于单纯性的胆管结石，不伴有胆管狭窄或者是明显的胆管壁增厚，可经过十二指肠内镜取石，是微创的手术，也获得了比较良好的治疗效果。但一定要注意严格掌握治疗的指征，尤其是在ERCP或者胃十二指肠镜取石后，同时进行Oddi括约肌的切开，一定要慎重。因为Oddi括约肌切开后，部分患者会出现比较严重的肠源性逆行性的胆道感染，因此手术要把握好指征。
非手术治疗通常是为手术前做准备的，感染控制后通常选择手术。除非病人的体质很差，暂时不能做手术，可保守治疗。但是要注意有时候要经过内窥镜或者ERCP镜放鼻胆管引流，因为有些病人经过长期的梗阻会造成淤胆性肝硬化，因此需解除梗阻。肝外胆管结石治疗目前以手术治疗为主，两个方法互为配合。必要的时候可先保守治疗，再进行手术治疗。
