对于电子结肠镜首先要进行肠道准备，肠道准备是否彻底，直接影响到电子结肠镜的观察。对于正常排便的病人，可以一次性进行清洁，通过口服泻药进行处理。如果是患有慢性便秘的病人，需要至少分2-3次进行自上而下的肠道清洁，大量粪液储存在肠道内腔之中会严重影响内镜下的观察，甚至影响内镜的通过，遗漏病变，因此是术前准备的非常重要的一点。
也需要注意如果存在大便性状改变，或者发生便血，或者是有慢性便秘，再有腹部不适，还有突然出现消瘦的患者都需要进行结肠镜检查。如果是既往存在过结肠息肉病史的患者，或者是家族中直系亲属存在患有结直肠癌的病人，都需要及时进行结肠镜的检查，以防这种息肉越长越大，最终发生癌变。
