幽门螺杆菌感染和口臭可能有一定关系。在临床上有一部分病人，幽门螺杆菌感染或因为口臭来进行幽门螺杆菌检测，发现是阳性。在幽门螺杆菌根除以后，口臭症状可以缓解。但是口臭的原因其实非常多，并不仅限于幽门螺杆菌感染。所以也会有部分患者即使幽门螺杆菌根除，但口臭依然存在。
口臭还有其它的原因，如有口腔内疾病，如龋齿、牙周病、牙龈炎等，或口腔细菌菌群失调，都可以有厌氧菌滋生，导致发生口臭。除了胃内幽门螺杆菌以外，肠内其实有大量细菌存在。人体整个肠道的细菌量相当于肝脏重量，所以如果好的菌量和坏的菌量不平衡，就会有很多厌氧菌过多繁殖，就会导致不好的气味的出现，可能就会从口腔反上来，或有人排气也会觉得非常臭，这样主要是因为肠道菌群失调。所以在幽门螺杆菌根除以后仍然有口臭的病人，建议病人可以服用调整肠道菌群的药，或到口腔科检查牙齿的问题。
