幽门螺杆菌感染的诊断按是否需要胃镜检查，分成侵入性检测方法和非侵入性检测方法，通过胃镜检查时，可以夹取胃黏膜的活组织标本，然后把这块标本放到一种试剂里，叫快速尿素酶检查，因为幽门螺杆菌含有尿素酶，在试剂盒就可以检出尿素酶，如果呈阳性，说明有幽门螺杆菌感染。夹取的胃黏膜组织，还可以通过组织学的切片，在镜下染色，可以观测到有幽门螺杆菌的存在。所以如果做胃镜检查时，通过夹取胃黏膜的标本，可以判断是不是有幽门螺杆菌感染。

如果不愿意做胃镜检查，这时可以进行呼气检测，也可以进行粪便幽门螺杆菌抗体的检测，呼气检测目前在临床，无论是在医院还是在体检中心都开展得非常普遍，这里有碳13呼气试验和碳14呼气试验，呼气试验是目前非常受病人欢迎的一种检测方法，因为无创，病人没有痛苦，而且准确性也非常高。血清学的检测在临床上并不可靠，只能证明是有幽门螺杆菌曾经感染过，但并不能确定现在是否感染。