幽门螺旋杆菌感染后，其治疗方案有所不同，是在逐渐变迁的进程中。首先幽门螺旋杆菌最早是采取三联疗法，即一种PPI加上两种抗生素，先服用PPI，把胃酸的水平抑制到一定程度，再通过吃抗生素去维持，一般是吃10-14天。后期发现铋剂对幽门螺旋杆菌的治疗效果很好，因为死亡的幽门螺旋杆菌含有大量的铋剂，而没有死亡的幽门螺旋杆菌没有铋剂。
后来把铋剂也列入治疗方案之中，主张幽门螺旋杆菌的四联疗法，即一种PPI加上一种铋剂，主要果胶铋，再加上两种抗生素，服用方法都为2次/天。但是铋剂和PPI不能同时吃，因为铋剂对PPI有络合作用，会减轻PPI的药效，一般分开吃，两种抗生素可同时吃。两种抗生素现在用的比较多的是阿莫西林，服用剂量是1g/次，2次/天，克拉霉素0.5g/次，2次/天，这两种药可以同时吃，一般在饭后半小时以后再吃。前两种药在饭前吃，在饭前提前0.5-1.0小时左右吃，这样会比较合理，这个四联疗法是最基本的方案。如果有人出现药物过敏，根据医生的医嘱随时调整，因为抗生素有副作用，故一定要在医生的指导下调整用药。