通常胃肠道间质瘤(GIST)术后的复发率不低，尤其是高危患者，术后有35%-95%的复发率，因此有可能复发。根据肿瘤的大小、核分裂象的计数、肿瘤原发部位和肿瘤是否破裂这些参数，将胃肠间质瘤的风险度分为四级，有极低风险、低风险、中等风险和高风险。
恶性间质瘤一般属于中高风险，对于2-5cm或者5cm以上的中危或者高危的胃肠间质瘤，切除之后复发的几率或者再转移的几率比较大。因此，复发本来是恶性胃肠间质瘤的生物学特征，可能会在原发部位复发，也可能血行转移，而转移的主要部位是肝脏、骨骼等。而患者需要使用靶向药物控制肿瘤的生长，减少复发和转移。
对于接受标准剂量伊马替尼治疗后出现转移的患者，建议增加伊马替尼剂量，或者换用二线的舒尼替尼治疗。如果仍不能控制转移的患者，考虑给予之前治疗有效且耐药性好的药物进行维持治疗。一旦出现术后复发，临床医生会根据患者的身体情况选择合适的后续治疗手段，因此患者一定要及时就医。
