早孕期褐色分泌物的常见原因有以下几种：

1、生化妊娠，精子与卵子已经结合但是没有游到宫腔内着床，或者游到了但是没有成功着床称为隐性流产，一般发生在孕5周内的流产，患者通常没有其它症状，所以经常被忽略；

2、胚胎发育异常会自然流产，早孕期流产或胎停育中有50%-60%是因为染色体异常流产，如果发现褐色分泌物，应该在除外宫颈等生殖器异常后，顺其自然，不要随意保胎，否则到后期还会出现更大的问题；

3、宫颈异常，最常见的是宫颈糜烂，性生活后次日出现褐色分泌物，应该考虑宫颈糜烂，宫颈息肉也会导致出血，而且会持续不断，早孕期褐色分泌物先去妇产科看宫颈；

4、双子宫或残角子宫畸形，正常子宫妊娠后，异常的子宫内膜会随着增厚而出现少量出血，早孕期怀孕出血超声检查必不可少；

5、子宫内膜脱落，有些女性怀孕后卵巢分泌的孕激素水平比较低，导致一小部分子宫内膜继续脱落，这部分女性怀孕后依然会来月经，只是月经量比正常少很多，直到妊娠3个月后胎盘形成，女性体内的雌孕激素维持在比较高水平，这时子宫内膜不再脱落，月经也就不再来了；

6、宫外孕，受精卵在子宫腔外着床发育的异常妊娠过程，宫外孕常有不规则阴道出血，色暗红、量少、淋漓不尽，一般不超过月经量，宫外孕的危害极大，受精卵不但不能发育成正常胎儿，如果不能及时发现宫外孕并治疗，有可能危及生命。