甲状腺毒症的治疗是根据患者的病因来选择治疗方案，笼统而言即是针对甲亢的治疗方法，包括药物治疗、碘-131的治疗、手术治疗。对于年轻的女性患者，因主要涉及到生育、工作、活动等，所以首选药物治疗来控制甲亢。抗甲状腺的药物有两种，一种是咪唑类，另一种是硫氧嘧啶类。代表的药物分别为甲巯咪唑和丙基硫氧嘧啶，服药期间要根据甲状腺功能调整药物的剂量。
对药物不耐受的患者，比如出现药物过敏，有皮疹、皮肤瘙痒，或使用后肝脏功能异常、粒细胞减少，及口服药物后久治不愈、用药后反复发作的患者，建议用放射碘治疗，即用碘-131治疗。
甲状腺有明显肿大，压迫到气管，引起气管软化，有癌变可能的患者建议进行手术治疗。
