目前关于脑干出血还没有非常明确、大家公认的手术指征。如果出血发生在延髓，患者在出血发生之后，常会在短时间内出现心跳、呼吸停止，这类患者很难耐受手术治疗。
大部分患者，如果在脑干出血之后，处于昏迷程度比较深的状态，或者脑干出血之后生命体征保持稳定，为中度到重度的昏迷，提示出血量是相对比较大的中等量出血，甚至比较大量的出血，如果患者全身的情况能够耐受手术，可以对脑干出血部位进行穿刺抽吸血肿，及时解除血肿对脑干的压迫，部分神经功能可以获得一定程度的恢复。如果脑干的出血量很小，只有一定程度的神经功能障碍，并没有出现昏迷等严重的情况，这些患者也完全可以进行保守治疗，无需进行手术治疗。
由此可见，脑干出血的手术治疗指征，目前还没有非常公认的标准，一般生命体征上比较稳定、中等量到比较大量的脑干出血，可以考虑尝试手术治疗。但是无论是手术治疗还是保守治疗，脑干出血的患者总体预后仍然不太理想。
