纤支镜，即纤维支气管镜，可以通过显示屏看到肺脏内部。纤维支气管镜检查有一个镜子，需要通过管道从鼻腔或通过口腔置入，沿气道插入肺脏远端。该过程往往需要局部麻醉，可以用麻醉药喷洒鼻腔和咽部，使得患者更能耐受检查。但毕竟是侵入性检查，在气道里插了一个管子，病人可能不是特别舒服，有可能会出现血压升高等情况，甚至在比较强的刺激下有时可能诱发心脑血管病的发作。所以一般进行纤维支气管镜检查时，都会实时给病人监测心率、血压以及氧合指数。病人不能耐受比较难受的检查时，可以采用麻醉药减少患者疼痛。
因咽部麻醉，尤其是刚刚做完检查2小时之内，咽部感觉不能很快恢复，吃东西、喝水会出现呛咳的情况，所以在做该检查之后往往需要禁食水大概2小时，然后试着喝喝水，不呛的时候再进食。纤支镜检查只是通过镜子看结构变化，同时还可以进去刷子、小夹子，取出里边的分泌物及部分肺组织。在做检查的过程中可能造成局部出血。一般患者在做完纤维支气管镜检查几天之内有痰里带血，血逐渐变成暗色，但是也有一部分病人可能出现大咯血，这时需要给予相应处理。做肺脏检查的时候，毕竟是把肺脏夹破一块，有一部分病人还可以出现气胸。出现气胸时，少量不需要特殊处理，自己就能吸收，如果出现的气胸量比较大时，需要用引流管、穿刺针把气体引流出来，这时需要医生进行相应操作。
当然做完纤维支气管镜检查部分病人还会出现发热的情况，尤其是在做完检查48小时之内，有一部分病人会出现发烧，但是发烧一般都是低热，不会超过38.5℃，而且2天以后一般都能够消失，也不用过于紧张。