颅底凹陷症一般是一种先天性疾病，会对患者的神经功能产生缓慢的进行性影响，当达到一定强度之后，患者的临床症状也可能会在短时间内出现明显加重。对于颅底凹陷症的具体严重程度，需要根据患者的影像学检查、临床症状，以及体征的评估加以判断。
大部分颅底凹陷症的患者如果能够及时发现，及时明确病因，并通过神经外科手术的方式加以处理，大部分神经功能障碍能够得到有效缓解和逐渐恢复，总体预后比较有保障。如果颅底凹陷症没有得到及时诊断和正确处理，患者的神经功能障碍可能会进行性加重，从而引起广泛的脊髓空洞，痛觉、温度觉消失，肌肉萎缩，以及神经营养不良性的关节炎性疾病。严重患者还可能由于脊髓空洞累及范围过于广泛，而出现大小便失禁、截瘫等严重后果，丧失生活自理能力。
