一部分颅底凹陷没有症状，无需治疗。有症状且进行性发展的病人一定要治疗，且越早越好。治疗手段根据颅底陷入的具体变化决断。如齿状突脱位需进行齿状突复位固定术；如果颅底、枕大孔区骨陷入需进行枕大孔、后颅窝的减压。

手术有一定的风险，但该病有治疗方法，患者不要顾虑。颅底陷入没有特效药物，只有依靠手术干预才有可能治愈。