一般情况下，患者在完善X片、胸部CT等检查发现肺部病变时，如果能通过简单的方式，如查看图片、通过气管镜等方式能明确病变性质，或输注抗生素后病变明显消失、减少，无需进行穿刺。但如果通过上述手段，仍然不能明确病变性质，尤其当肺部有包块、占位时，需要进行肺部穿刺。
肺部穿刺可以取到患者的病变组织，送检查后可以明确病变性质，到底是良性或恶性，便于进行下一步治疗。除此之外，当患者怀疑有结核，但没有取到证据的情况下，也可以进行肺部穿刺。且肺部穿刺可以获得病原学依据，即将穿刺物送检、培养，可明确感染的病原菌，如结核、真菌或其它病变。
