畸形性骨炎要根据病变的程度不同选择治疗方法，主要是保守治疗和手术治疗。所有的畸形性骨炎都需要保守治疗，尤其是骨痛、碱性磷酸酶增高、骨折风险很高的畸形性骨炎患者，尤其要注意进行保守治疗。在压迫神经血管、影响功能时开展手术治疗。畸形性骨炎合并骨折要做内固定；肢体畸形，比如弯曲畸形，要矫形。畸形性骨炎将近恶变或已经恶变的病人需要手术截肢。保守治疗主要的治疗原则是抑制骨吸收。畸形性骨炎骨吸收非常速度特别快，所以这时候需要强有力的双膦酸盐或降钙素，抑制骨吸收；另外需要降低血钙、抑制骨代谢，可以使用普卡霉素，还有一些其他药物，比如钙、维生素D；也可以使用中医中药，中医中药要辨证施治。总的来说，畸形性骨炎的主要治疗是保守治疗，目前可以靠药物控制，使病变稳定、病人的症状改善，但是也不是说完全就能治愈，有时候会复发。
