膝关节囊肿的治疗方法如下：

1、腘窝囊肿多发于老年人，位于膝关节后侧，轻度腘窝囊肿可采取非手术治疗，对症处理。压迫较严重者，可切开手术，也可在关节镜下做内引流手术；

2、半月板囊肿源于半月板内黏液样变，多发于20-40岁的年轻人，主要发生于外侧半月板前角和内侧半月板后角，一般采取关节镜下清理加半月板缝合术治疗；

3、交叉韧带囊肿位于前交叉韧带或后交叉韧带内，可造成一定的挤压症状，一般采取关节镜下治疗，把囊肿切除。