小柴胡通常不用于治疗咳嗽，主要是该药不属于对证治疗范畴。小柴胡汤来自《伤寒论》，用于治疗风寒外感侵犯人体后出现的症状，发病过程为由太阳到阳明，最后到少阳。少阳属于半表半里证，因感受到寒邪出现一系列寒热往来症状，时冷时热，还会伴有头晕目眩、两胁疼痛、口苦、胸闷等症状。
虽目前小柴胡颗粒也常用于治疗感冒，可起到解表作用，对于治疗散表邪和清热也有一定力度，但是作用不强烈，尤其此药药性以入中焦为主，因此不适合缓解上焦和肺的症状，通常也不会用于治疗咳嗽。治疗咳嗽的药物较多，如清肺药、宣肺药，甚至止咳类的川贝枇杷制剂，而无需使用小柴胡颗粒治疗咳嗽。对于寒性咳嗽，可以使用通宣理肺丸，对于热性咳嗽、感冒咳嗽，可以使用羚羊清肺丸、银翘解毒片、桑菊感冒片等。
