肝肾综合征发病的机理目前还不是特别清楚，可能与以下因素有关：

1、严重肝功能障碍：一般认为主要是由于严重的肝功能障碍导致的血流动力学改变，进而影响到肾功能。严重的肝功能障碍时，血管活性物质也就是血管活性介质灭活减少，比如半胱氨酸、白三烯、血栓素A2等。在门静脉高压时经过门体分流进入体循环，使内脏血管舒张，导致有效循环容量减少和平均动脉压下降，有效循环容量减少。通过神经体液系统，反射性引起肾内血管收缩和水钠潴留，交感神经系统和RAAS系统激活，导致肾血管收缩，肾血管自动调节功能改变，致使血流对平均动脉压的改变更加敏感；

2、内毒素血症：也是严重肝病患者引起肝肾综合征的重要因素，严重的肝病时，由于肝细胞的解毒功能降低，由肠道吸收的内毒素，通过肝脏或者侧支循环大量进入体循环。内毒素可以引起肾血管强烈的收缩、血流减少、肾脏的肾小球滤过率降低，导致少尿和胆汁血症。