肾囊肿患者通常不需要住院治疗，而如果是进行手术治疗，则应考虑住院，但通常住院时间不超过1周。因为现在对于肾囊肿的治疗通常采取微创方法，对机体创伤较小。肾囊肿对肾脏的影响较小，通常情况肾囊肿是由膨大的肾小管憩室构成，在膨大过程中会和肾小管脱离，形成独立囊泡，有一定分泌功能。
肾囊肿分泌囊液后，使肾囊肿逐渐长大，可压迫到正常生长组织或者压迫肾盂，从而导致局部组织功能丧失。另外，也有可能会导致感染、钙化等情况，患者需进行处理，原则是单侧肾囊肿数量多于3个，体积＞5cm并且向内生长。处理方法包括穿刺抽囊液，注射硬化剂、去顶减压术、囊肿切除术，均要求患者住院治疗。
