肠结核属于全身结核病，临床表现主要是低热、盗汗、乏力、纳差、消瘦以及食欲减退等结核病的全身症状。肠结核患者的腹部症状表现为慢性腹部隐痛和阵发性绞痛，以右下腹及脐周痛为主。如果合并肠梗阻，在腹部可以扪及肿块，严重者可形成肠穿孔及肠瘘。
肠结核患者可进行肠镜检查，结肠镜检可以比较直观的检查患者肠道，观察患者的结肠回盲部以及回肠末端。肠结核患者肠镜下的表现主要是肠黏膜充血、水肿，可能出现环形溃疡以及溃疡表面边缘不整齐，还可能出现大小、形态各异的炎性息肉以及肠腔狭窄。有时通过肠镜取活检若找到干酪样肉芽肿以及结核分枝杆菌，可以确诊为肠结核。肠结核患者肠镜下的病理类型有两种，分为溃疡型和增生型。溃疡型肠结核的症状主要是慢性腹部隐痛以及阵发性绞痛，疼痛部位多位于脐周和右下腹，进食以后出现加重，排便后减轻，可以有腹泻与便秘的交替。增生型肠结核的表现是肠管环形狭窄，腹胀明显，腹部可见胃肠型，右下腹可扪及固定和较硬的肿块。