单纯原发性三叉神经痛通过核磁无法检查出来。而继发性三叉神经痛为压迫性或肿瘤性、感染性，此类三叉神经痛可以通过头颅核磁，尤其是三叉神经薄层核磁鉴别。因原发性三叉神经痛常为遗传原因或局部炎症等，或不明原因诱发，从而出现三叉神经痛。此种情况常表现在桥小脑区域或三叉神经走行区域内，并没有明显异常，但三叉神经本身出现异常放电状态。所以三叉神经痛诊断除此检查外，要借助临床表现，甚至体格检查，从而明确诊断。
原发性三叉神经痛头颅核磁并没有显著异常，在面部发作是剧烈爆发状态，在面部体检时经常有扳机点存在。医生可借助以上三个因素去诊断三叉神经痛。
