大多数子宫内膜薄的原因，是继发于流产以后或宫腔镜手术以后，对子宫内膜的基底层造成损伤，导致子宫内膜的生长受到影响。如果是先天性的子宫内膜薄，主要的原因是激素水平问题。患者闭经时间较久，会几个月，甚至0.5-1年不来月经，检查时发现子宫内膜较薄。

这种现象主要是由于体内的激素水平异常所导致，下丘脑或卵巢存在问题，导致没有规律排卵。体内雌激素水平或孕激素水平较低，没有促进内膜增长的肥料，所以内膜不发生增长。此时需要用激素替代治疗，维持内膜的正常生长，保证生育的可能性和需求。