绝大多数情况下，附睾炎并不严重，经过有效抗感染治疗都可以得到控制。但有一部分附睾炎，如果治疗不及时或治疗不正确，可能导致疾病的加重或迁延不愈，而出现并发症，比如急性附睾睾丸炎如果感染控制不及时，使疾病进展出现睾丸脓肿或睾丸梗死。此种情况发生后脓肿需要及时切开引流，而部分患者脓肿加重或急性梗死可能需要进行睾丸切除手术，但睾丸切除时需要慎重。
对于慢性的附睾炎，如果病变迁延不愈会造成附睾和睾丸组织的损伤，可能会影响到两方面，一方面是男性的生育问题，可能造成不育。另一方面会造成激素问题，出现性功能的异常。如果疾病迁延不愈成为慢性疾病，会出现慢性的疼痛过程，对患者的日常生活造成影响，影响生活质量。因此附睾炎发生以后，需要及时治疗，主要是抗感染治疗，需要足剂量、足疗程应用抗菌素。
