慢性肾盂肾炎患者的感染症状较轻，一般以巩固、缓解、对症治疗为主。西医建议此类患者做尿培养加药敏试验，如果有细菌感染，针对药敏试验结果选用抗生素。抗生素的选择疗程比急性肾盂肾炎长，有些患者会采用长疗程，比如可以采用21天疗程或者6个月疗程。一般都是小剂量服药，即晚上排尿以后口服一次低剂量抗生素。如果刚转成慢性肾盂肾炎，经过21天治疗以后，多次复查结果均为阴性，即为治愈。对于多年慢性肾盂肾炎患者，需半年为一个疗程，即一个低剂量的抑菌疗程。

中医治疗可以缓解症状、改善体质，多数以清利湿热、利湿通淋治疗为主。慢性肾炎病人通常是肾虚体质，所以肾虚有湿热是其体质特点。中医治疗要补益肾气、清热利湿通淋，不管是中成药还是中药汤剂，加上西医治疗，就会起到事半功倍的作用。所以对于慢性肾盂肾炎患者，除长疗程小剂量抑菌以外，建议加上中医治疗。同时还应去除诱因，治疗原发病，比如有些患者合并有结石。此时也应干预治疗结石，这样对于慢性肾盂肾炎就能达到一定的治愈目的。此外，还建议患者调理饮食和生活作息、加强锻炼，提高自身免疫力。