肠易激综合征的治疗分为药物治疗和心理行为治疗，药物主要是对症治疗，可通过解痉药、调节内脏感觉的药物、泻药等改善症状，心理治疗主要适用于症状严重而顽固，经一般治疗和药物治疗无效者。
一、药物治疗
1、解痉药：匹维溴铵为选择性作用于胃肠道平滑肌的钙拮抗药，能够缓解平滑肌痉挛，还可以降低内脏高敏感性，对腹痛亦有一定疗效，且不良反应少。阿托品、莨菪碱类、颠茄合剂等抗胆碱药物可作为缓解腹痛的短期对症治疗，不适于长期用药。
2、调节内脏感觉的药物：5-HT3选择性拮抗剂阿洛司琼、雷莫司琼可以改善病人腹痛症状，减少大便次数。5-HT4受体激动剂普卡必利可减轻病人腹痛、腹胀症状，使排便通畅。
3、洛哌丁胺或地芬诺酯：止泻效果好，适用于腹泻症状较重者，但不宜长期使用。轻症者宜使用吸附止泻药如蒙脱石散、药用炭等。
4、泻药：对以便秘为主的病人，宜使用作用温和的轻泻剂，常用的渗透性轻泻剂如聚乙二醇、乳果糖或山梨醇，容积性泻药如甲基纤维素等也可选用。
5、促动力药：此类药物如莫沙必利、盐酸伊托必利等，能够促进小肠和结肠蠕动。马来酸曲美布汀是消化道双向调节剂，对各种类型的肠易激综合征症状都有较好的效果。
6、抗抑郁药：上述治疗疗效欠佳而伴随精神症状明显者可试用。常用的有三环类抗抑郁药如阿米替林、选择性抑制5-羟色胺再摄取的抗抑郁药如帕罗西汀等，宜从小剂量开始，注意药物的不良反应。此类药物起效慢，应向病人耐心解释，提高病人依从性，以免病人对药物产生怀疑而影响效果。
7、肠道微生物制剂：如双歧杆菌、乳酸杆菌、酪酸菌等制剂，可纠正肠道菌群失调，对腹泻、腹胀有一定疗效。
二、手术治疗
该病一般无需手术治疗。
三、心理治疗
心理和行为疗法：症状严重而顽固，经一般治疗和药物治疗无效者应考虑予以心理行为治疗，包括心理治疗、认知疗法、催眠疗法和生物反馈疗法等，患者需前往心理科就诊，由专业心理医师指导治疗。肠易激综合征的心理治疗总体来说，在改善肠易激综合征患者的症状或生活质量方面具有与药物治疗相似的疗效。