肠易激综合征患者中枢神经系统和肠道互动发生异常，肠道敏感性增加、肠动力紊乱。这种脑-肠互动异常，通常认为是由于肠道感染以后的状态，肠道菌群失调，以及各种原因导致的精神、心理因素，焦虑、抑郁状态所造成。肠道对正常刺激过于敏感，而出现腹痛、腹泻、便秘等临床症状。
肠易激综合征是常见的功能性肠病，不伴有可以解释症状的形态学异常，以及生化异常。临床上一般在进行各种检查，排除器质性疾病以后才可以诊断。正常情况下，肠道是在中枢神经系统的支配下，发挥其正常的生理功能。