肺性脑病患者的治疗重在积极对症治疗，对各种呼吸道疾病进行治疗，改善呼吸功能。改善二氧化碳潴留的状态，纠正电解质紊乱状态。存在感染的积极进行应用抗生素抗感染，进行对症处理。
一、一般治疗
给氧疗法(氧疗)：1、低浓度持续给氧(<40%)是慢性阻塞性肺部疾病氧疗的原则，对肺性脑病患者更是如此，应用机械通气时例外。经鼻导管或鼻塞吸氧的吸入氧浓度换算为21+4×氧流量(L/min)= FiO2(%)。肺性脑病虽然以二氧化碳潴留为主要临床特征，缺氧也是主要的临床表现。因此，氧疗是不可缺少的治疗措施。
2、严重缺氧而不伴或伴轻度CO2潴留时，主要因弥散功能障碍或通气/血流比例失调情况下，可给予高浓度氧吸入，如合并突发性自发性气胸、肺不张等。
3、临床最常用的给氧途径是经鼻导管或鼻塞给氧，其次是面罩给氧，最有效的给氧途径是气管内给氧，如气管插管或切开后射流给氧或机械通气给氧。
二、药物治疗
1、抗感染：
（1）原则：一旦感染加重，主张大剂量应用抗生素，以求尽快控制感染，缩短病程。这类患者由于感染严重，机体抗病能力也差，往往单用一种抗生素很难奏效，一般主张联合用药，将作用于不同杀菌和抑菌环节的抗生素联合应用，多能取得较好疗效。给药途径以静脉给药为妥，且24h内均匀给药，如每8～12h静脉注射，以维持有效血液浓度。
（2）抗生素选择：一般应以病原学检查为依据，但由于病原学检查的周期长，这类患者的病情重，容不得等待，发病初期只能在积极进行病原学检查的同时，先凭经验选择1～2种抗生素，待病原学检查结果出来后，再结合临床酌情调整。2种或2种以上抗生素联合应用时，应兼顾不同类型或作用机制的抗生素合理搭配。如青霉素+链霉素、红霉素+氯霉素、头孢类+氨基糖苷类、头孢类+喹诺酮等。
2、祛痰：使痰液稀释,易于咳出，也是排痰的方法之一，一般可选用药物或雾化吸入。使痰液稀释的药物有氧化铵、必嗽平、沐舒坦等；雾化吸入，尤其是超声雾化吸入对痰液稀释和排痰十分有效。有时为加强超声雾化吸入的痰液稀释和排痰效果，还可在吸人的生理盐水中加入a-糜蛋白酶；也有加入适当抗生素，如庆大霉素等，有时能获得较好的抗感染效果。
3、解痉：解除支气管痉挛也是保持呼吸道通畅的主要手段，常用的方法是药物，如茶碱类、β2受体激动剂、糖皮质激素等。
4、呼吸兴奋剂应用：呼吸兴奋剂可直接或间接兴奋呼吸中枢，使呼吸幅度增加，增加通气量，改善缺氧和二氧化碳潴留，是治疗肺性脑病，纠正或控制二氧化碳潴留的首选方法。常选用尼可刹米、洛贝林、二甲弗林等。
5、糖皮质激素的应用：糖皮质激素有抗炎、抗过敏、抗休克和间接解除支气管痉挛的作用，能改善肺通气功能，纠正缺氧，降低细胞膜的通透性，减轻脑水肿作用。长期慢性缺氧患者，肾上腺皮质功能低下，糖皮质激素可代替其作用。
6、镇静剂的应用：对肺性脑病患者的谵安、狂躁不安和精神症状，在排除代谢性碱中毒后，应着重改善肺泡通气，避免用能加重呼吸抑制的镇静剂，如吗啡、哌替啶、巴比妥类药物、氯丙嗪等，必要时可用东莨菪碱肌注，或地西泮肌注。亦可用中成药醒脑静注射液(安宫牛黄注射液)肌注。
7、脑细胞代谢与保护剂的应用：如细胞色素C、辅酶A、ATP、胞磷胆碱脑活素、纳洛酮等。
三、手术治疗
氧分压急剧下降，机体严重供氧不足的情况下可以考虑行气管切开术。
四、其他治疗
1、呼吸机治疗：在慢性阻塞性肺部疾病患者中，肺性脑病是应用机械通气最多的病例。这类患者应用呼吸机最大的顾虑是呼吸机依赖。因此，一般首选呼吸兴奋剂和病因治疗，只有当二氧化碳潴留和意识障碍无法缓解或进行性加重时，才考虑应用机械通气。机械通气能迅速纠正二氧化碳潴留，改善患者的意识状况，避免缺氧和二氧化碳潴留对患者其他脏器造成的危害，也为肺部感染的控制赢得时间，是十分有效的急救和治疗措施。
2、物理疗法：翻身、拍背、叩捶、鼓励主动咳嗽和咳痰是最基本和最简便易行的排痰的方法，无论对清醒或非清醒的患者均应如此。