以往对肝外胆管结石基本上均采用手术治疗，其疗效并不十分满意。近年来，由于各种治疗方案应用于肝外胆管的治疗，使其疗效不断提高。如经内镜单镜、双镜或三镜联合取石均为肝外胆管结石的治疗提供了一种新的治疗方法，并有较好的疗效，从而避免了开腹手术的创伤。同时药物治疗，胆道排石已被临床证明是有效果的，具有一定的应用价值。
一、一般治疗
轻微症状患者应进行饮食调理，宜进食脂肪、低蛋白、少量易消化的流食或半流食，少食多餐，多食豆制品，多吃新鲜蔬菜；忌食油炸、煎的食物，同时多运动。
二、药物治疗
1、熊去氧胆酸：为胆石溶解药，用于胆固醇型胆结石形成，偶可见便秘、头痛、头晕和心动的过速等不良反应，胆道完全梗阻和严重肝功能减退者禁用。
2、阿托品：即硫酸阿托品，为抗胆碱药。适用于胆绞痛的症状，不同剂量所指的不良反应不同。少量心率加速、心悸，多量有语言不清、烦躁不安及出现幻觉等，发烧、速脉、腹泻和老年人慎用。
3、甲硝唑：为抗厌氧菌药、抗滴虫药，用于治疗肠道和肠外蛔虫病，防止感染严重。少数病例出现不良反应，以消化道反应最为常见，包括恶心、呕吐、食欲不振、腹部绞痛，一般不影响治疗；神经系统症状有头痛、眩晕，偶有感觉异常、肢体麻木、共济失调、多发性神经炎等，大剂量可致抽搐。
三、手术治疗
1、切开胆总管取石：诊断明确的肝外胆管结石，目前仍以胆总管切开探查取石、Ｔ形管引流为主。对于非梗阻、感染发作时的择期手术，务必努力取净结石，探明胆管有无狭窄等病变，并进行相应的处理。有条件者最好术中常规进行纤维胆管镜检查，取石。
2、胆总管切开探查：指征为典型的梗阻性黄疸并胆管炎；术前或术中胆管造影疑有结石或异物影；术中触及肝外胆管结石或异物感；术中胆管穿刺抽出脓性胆汁；胆管明显扩张并有明显临床症状者。如果急性胆管炎，病情危重，不宜进行复杂操作者，应尽量减轻创伤，缩短手术时间，以简单取石、放置Ｔ形管通畅引流为主。胆管内残留的结石和病变，可后期处理。术后2~3周常规经Ｔ形管胆系造影发现残留结石，可在术后6周左右用纤维胆管镜经Ｔ形管窦道取石。
3、纤维胆管镜经胆囊管取石：适于较小的继发性胆总管结石，可在胆囊切除术中用直径较小的纤维胆管镜，经扩张的胆囊管放入胆总管，用取石网篮套取结石，其禁忌症包括心肺功能不全或全身状态衰竭不能耐受检查，或有严重高血压、动脉硬化、青光眼、前列腺肥大，且不能应用抗胆碱能药物者。