肠系膜上动脉栓塞栓子多来自心脏，栓塞可发生在肠系膜上动脉出口处，更多见于远侧较窄处，常见部位在中结肠动脉出口以下。肠系膜上动脉血栓形成大多在动脉硬化性阻塞或狭窄的基础上发生，常涉及整个肠系膜上动脉，也有较局限者。肠系膜上静脉血栓形成可继发于腹腔感染、肝硬化门静脉高压致血流淤滞、真性红细胞增多症、高凝状态以及外伤或手术造成血管损伤等。
一、主要病因
1、急性肠系膜缺血：
（1）栓塞：肠道血液灌流量骤减可通过多种机制造成肠系膜缺血。动脉栓塞占急性肠系膜缺血40%~50%，栓塞常来源于心脏内壁的栓子，引发因素包括快速房颤、心肌梗死、心肌病、心脏结构缺损、心脏肿瘤。心内膜炎可能导致脓毒性栓子从心内膜脱落。肠系膜血管近端的胸腹主动脉瘤壁血栓脱落也可导致肠系膜动脉栓塞。肠系膜上动脉与腹主动脉形成的夹角比其他肠系膜血管与腹主动脉夹角小，所以成为肠系膜股动脉栓塞的最常见的部位。
（2）动脉血栓形成：动脉血栓形成是急性肠系膜缺血第二常见原因，占病例数的20%~35%。已存在于所有内脏动脉的动脉粥样硬化斑块是最常见的原因，高凝血综合征也容易导致急性内脏血栓形成，受影响的血管通常因为在主动脉开口处。急性动脉血栓形成患者常已有慢性肠系膜缺血的表现，急性血栓形成死亡率高的原因可能由于阻塞部位在内脏动脉起始部，被阻塞的血管多，受影响的肠段长。主动脉夹层撕裂范围急性扩展也可导致肠系膜血管突然阻塞，并引起血栓。
2、非阻塞性肠系膜缺血：肠血管受损又无血栓形成或栓塞阻塞被称为非阻塞性肠系膜缺血。有症状的患者常发现有广泛动脉粥样硬化，常累及3支内脏动脉。病变通常累及血管开口，斑块由腹主动脉延伸而至。内脏血栓常发生在血流量减少时，特别是同时合并肠道动脉硬化病变。非阻塞性肠系膜缺血常继发于心脏疾病，特别是严重的充血性心力衰竭。房颤是心源性血栓和内脏栓塞常见的原因，也会因减少左室功能和心输出量而导致非阻塞性肠系膜缺血。其他引起非阻塞性肠系膜缺血的危险因素包括低血容量、全身血管收缩、血管活性药物、主动脉瓣关闭不全、心肺分流术、腹部或心血管手术以及肝衰竭。
3、肠系膜静脉血栓形成：肠系膜静脉血栓形成占所有肠系膜缺血病例的5%~15%，通常发生在肠系膜上静脉，也会累及肠系膜下静脉和门静脉，肠系膜静脉血栓形成分为原发型和继发性，继发性肠系膜静脉血栓形成多发生在基础疾病基础上，占所有肠系膜静脉血栓形成的75%。遗传或获得性高凝血状态疾病，包括蛋白补体-C和蛋白S缺乏、红细胞增多症、抗凝血因子Ⅲ缺乏、抗磷脂抗体综合征，抗肿瘤因子Ⅴ突变等是常见的原因。恶性肿瘤、外伤、腹部手术、肝衰竭、胰腺炎、口服避孕用药也可引起肠系膜静脉血栓形成。肠道缺血的范围在很大程度上取决于静脉受累的程度。
4、慢性肠系膜血管闭塞缺血：腹腔内脏有3条供应动脉，即腹腔、肠系膜上及肠系膜下动脉，互相之间有侧支循环形成。但如动脉硬化累及的范围较广，2~3支均有病变时，将有血供应量不足，影响胃肠道的消化功能而出现症状。慢性肠系膜血管闭塞症状者却不多，更不致发生肠坏死。
二、诱发因素
1、凡全身血液循环动力异常、肠系膜血管病变以及其他全身或局部疾病引起的肠壁缺血，均可引发本病。
2、遗传性或获得性疾病所导致的高凝状态，如肿瘤、腹腔炎症、手术后、肝硬化及门静脉高压。
3、过度使用口服避孕药。
4、有长期吸烟史，多数患者还有其他血管疾病的表现，如脑血管冠状动脉和周围动脉疾病。