对肠系膜血管缺血性疾病的治疗主要分为手术治疗和非手术治疗，非手术治疗以积极治疗控制原发病为主，手术治疗根据栓塞的部分采取相应的手术方法，术后积极抗凝和充分支持治疗。
一、药物治疗
1、急性及慢性肠系膜缺血的治疗：单纯的药物治疗对于这些患者效果不佳，控制危险因素能缓解肠系膜循环及其他血管床动脉硬化的进展。
（1）维持水、电解质：由于患者在住院期间常有严重脱水，所以术前一定要充分补充液体并保证足够的尿量，也要纠正电解质的异常及代谢性酸中毒。
（2）抗生素治疗：由于长期缺血引起肠道黏膜损伤，可能出现细菌移位而导致全身性败血症。静脉使用广谱抗生素，同时加强液体补充可减少该类患者的死亡率，要特别注意对抗革兰阴性菌和厌氧菌。
2、肠系膜静脉血栓形成的治疗：
（1）抗凝治疗：对急性、亚急性肠系膜静脉血栓形成治疗主要是及时启动抗凝系统，能很好的提高生存率和减少复发风险，常见药物有肝素，可防止血栓形成。
（2）抗生素治疗：静脉给予抗生素静脉减少细菌从肠黏膜移位，应建立积极液体复苏及循环支持，抗感染。
二、手术治疗
1、急性及慢性肠系膜缺血的治疗：
（1）血管腔内技术：用于治疗肠系膜血管疾病扩充了经皮介入技术的用途，然而血管腔内技术仍主要用于慢性肠系膜血栓形成患者。最常用的技术包括球囊成形和支架，报道显示该技术有非常好的治疗效果，且并发症发生率低。由于急性肠系膜缺血患者常需切除肠段，更多的是采用剖腹探查并开放手术重建血运。对于那些有短肠综合征、心肺功能均较差、已有腹腔手术史、凝血系统疾病以及营养障碍的患者，更倾向选择血管腔内治疗。而对病变复杂和血管完全阻塞的患者，传统上选择开放手术重建血管。
（2）逆行肠系膜动脉支架：治疗急性肠系膜缺血是近来才报道的，在开腹手术期间剥离出横结肠系膜的根部，然后经皮或经动脉切口将管鞘插入血管。逆行肠系膜支架早期疗效尚好，长期效果仍不清楚，该方法的主要优势是在恢复血流前后可以检查肠道的状态，而顺行的经皮球囊血管成形术却无法做到。该方法的另一优点是可能缩短手术时间，因为避免了病变近端流入血管的暴露，以及用于转流的自体血管的获取。缺点是在手术过程中可能会不慎损伤血管和造成主动脉夹层，以及由于内膜增生造成再狭窄。
（3）开放手术治疗：探查重建血运的治疗方法既可用于急性肠系膜缺血，又可用于慢性肠系膜缺血。有急性肠系膜缺血症状和体征的患者需急诊手术探查，评估肠道的活力及重建内脏血运。在进行大血管成形术前，小肠和大肠可能会出现大段颜色暗灰，局部缺血性或坏死。所以在动脉栓塞发生后，肠道的坏死并不广泛，近端回肠和横结肠可能会免受缺血所累。而急性血栓形成则常发生在肠系膜上动脉起始部，由于累及肠系膜上动脉的几个近端分支，所以肠道低灌流和坏死的范围会更广泛。
2、非阻塞性肠系膜缺血疾病的治疗：严重的充血性心力衰竭和低血流量状态是产生这类疾病最常见的原因，对该疾病的治疗应提高循环支持和增加心输出量。选择性肠系膜动脉造影仍然是最好的诊断方式，检查诊断之后还可以利用这条路径行介入治疗。这些治疗包括直接注入动脉内升压剂药如罂粟碱、硝酸甘油，以及必要时血管成形术和支架置入。前列腺素E1是一种强有力的平滑肌松弛剂，可抑制血小板聚集、红细胞变形、降低生产活性氧抑制剂。
三、营养治疗
患慢性肠系膜缺血的患者常有营养不良，所以在重建血管前也要检查白蛋白、前白蛋白、C反应蛋白，对严重营养不良患者可考虑在术前给予全胃肠外营养或肠道营养。