男童小便时疼痛，需考虑如下几种情况：
第一、泌尿系感染：指细菌侵入泌尿道所引起的感染，致病菌大多数为胃肠道来源的革兰氏阴性杆菌，一岁以内以男童多见，学龄期以女童多见，主要表现为尿道口发红、排尿不适、尿频、尿急、尿痛等，尿常规检查也常提示有感染存在。确诊泌尿系感染后，建议口服敏感抗生素7-10天，如口服药物效果欠佳，或者出现发热、精神不振等全身感染症状，需要及时进行静脉输液来抗感染治疗。
第二、包皮炎：多见于包茎、包皮过长的男童，表现为包皮红肿，感染严重时可能自包皮口有炎性渗液或者脓液流出，这种情况下，可以在包皮红肿处用碘伏消毒，或者用浓度为1:5000的高锰酸钾溶液局部浸泡消毒，之后蘸净渗液、脓液，局部涂抹抗生素软膏。有时因为包茎的症状比较明显，包皮口小，或者包皮与阴茎头之间粘连紧密，影响炎性渗液、脓液的排出，导致炎症不易痊愈，则可手法处置，适当扩张包皮口，分离包皮与阴茎口之间的粘连。如果手法处置效果不佳，在控制急性期的包皮炎之后，择期行包皮环切术。
第三、泌尿系结石：多见于膀胱尿道结石，这种情况下多有排尿终末的剧痛，有时可能还有血尿等，可以通过泌尿系的彩超或者泌尿系的造影、CT等检查明确诊断，明确诊断后应该及时就医，行进一步的处理。
