甲亢以后有些患者会出现性能力下降，主要是由于甲亢可以造成性腺功能受损伤。儿童甲亢患者尽管生长和骨骼生长加速，但是有性发育的延迟。甲亢的妇女可以有月经紊乱，主要表现为周期延长或缩短，最初经量减少，最终发生闭经，生育率下降。即使是怀孕，流产的危险性也增加。
某些甲亢的患者可以有无排卵性的月经为主，伴有月经量稀少。可能是由于月经中期，黄体生成素的峰值明显地降低。由于性激素结合球蛋白的水平在甲亢的时候增高，使得总睾酮、双氢睾酮水平和雌激素的水平增高，但是游离的性激素水平降低，或处于正常的低限，是造成甲亢以后性能力下降的一方面原因。结合状态的性激素使得睾酮和双氢睾酮的代谢清除率降低，雌二醇的代谢率正常，提示激素的组织代谢增加。另外在甲亢的时候雄烯二酮向睾酮，雌酮向雌二醇，而睾酮向双氢睾酮转化率也增加。
雄激素在甲亢的时候向雌激素转化率增加，可能是10%男性甲亢患者，发生男性乳房发育和勃起功能障碍的原因。女子发生的性腺功能减退，或者月经的改变，发生的机制可能是甲状腺激素影响促性腺激素释放激素信号的转导，干扰黄体生成素和卵泡刺激素脉冲频率和振幅。甲亢患者通过及早的诊断，进行抗甲状腺的药物治疗，甚至手术或者碘-131治疗，所引起的性能力减退都能够恢复。
