细菌性脓胸的治疗主要是消灭病原菌，彻底清除胸腔积液，目前需根据患者的一般状态及病情程度选择合适的治疗方式，多数患者需手术结合药物治疗，对于身体虚弱者可辅助支持治疗。
一、药物治疗
1、头孢克肟：这属于头孢菌素类抗生素，具有广谱抗菌作用，适应范围广，对细菌有很好的杀伤作用。不良反应不常发生，即使发生，也较轻。
2、左氧氟沙星：这属于广谱抗生素，有较强的杀菌作用，可以杀灭胸腔的细菌，常见不良反应有恶心、呕吐、头晕、嗜睡、皮疹等。
二、手术治疗
1、急性细菌性脓胸：
（1）胸腔穿刺抽液：适用于急性细菌性脓胸渗出期，其脓汁稀薄，易于抽出。经胸部CT或超声定位，进针应选在脓腔底最低位置上1～2肋间肋骨上缘，可避免损伤肋间血管。尽量吸净脓液。抽吸后可加用抗生素注入胸腔。
（2）胸腔闭式引流：适于经多次胸腔穿刺抽脓无明显好转、积脓有增加或脓液稠不易抽出者，或脓气胸，穿刺抽脓有困难的包裹性脓胸，宜行胸腔闭式引流。于脓腔最低部位，经肋间置入闭式引流管，并保持引流通畅。肋间插管要尽量选用大口径引流管，与水封瓶连接，防止肺萎陷。若引流不畅，应在胸部CT、超声定位下或电视胸腔镜引导下，重新调整引流管位置。经上述处理，可迅速排空脓腔内的大量脓液，减轻患者中毒症状，促进肺复张、胸膜粘连消灭脓腔。闭式引流后10～12天，胸片上显示脓胸消失，可拔除肋间引流管，不需进一步治疗。如脓胸愈合状况不很清楚，可经胸管注入造影剂以获得正确评估。
（3）早期脓胸廓清术：适于经胸腔闭式引流不见好转或脓腔分隔形成多房性脓胸，可行早期脓胸廓清术。除常规剖胸手术外，目前多采用电视胸腔镜手术，完全清除胸腔内积脓和脓苔，打开脓腔分隔及剥脱肺表面的纤维素膜，彻底冲洗胸腔，在脓腔最低处放置胸腔闭式引流。
（4）胸膜纤维板剥脱术：常用于感染或非感染合并血胸病例。这时肺虽被纤维脓性外膜所约束，但仍可复张。纤维层剥脱术后可以继续闭式引流。肺可重新扩张，两层胸膜靠拢并粘连，消除胸膜腔使脓胸愈合。
2、慢性细菌性脓胸：
（1）肋床引流术：主要用于改善原有的脓腔引流，原有引流不畅的患者应先扩大引流创口，或根据脓腔造影选择适当部位另作肋床引流术，使脓液引流干净。该术控制脓腔的感染，缩小脓腔，不但可为以后的手术创造有利条件，少数患者还可因引流改善后，脓腔得以闭合而痊愈。
（2）胸膜纤维板剥除术：剥除壁层及脏层胸膜上纤维板，使肺组织从纤维板的束缚中游离出来，重新扩张，消灭脓腔，胸壁也可恢复呼吸运动，既能改善肺功能，又可免除胸廓畸形，是最理想的手术。适用于病程不长、纤维板粘连不甚紧密、肺内无病变、能复张的病例。如果患者一般情况较差，剥离壁层纤维板时出血较多，患者不能耐受时，也可仅剥除脏层纤维使肺游离扩张，同时刮除壁层纤维板上肉芽组织，以消除脓腔。手术创伤小，患者易耐受，但未能恢复胸壁活动度。手术前必须了解支气管和肺部病变情况。脓胸前的肺部X线片与胸部CT，支气管镜检查和必要时作支气管碘油造影，有助于明确诊断。肺萎陷下时间过久、肺组织已纤维化无法服张、肺内已有广泛的破坏性病变、结核性空洞、支气管扩张等，则不适于施行胸膜纤维板剥除术。
（3）脓胸肺切除术：慢性细菌性脓胸合并肺组织或支气管已有广泛破坏如空洞、支气管扩张或广泛纤维化或肺不张时，应将脓胸和病肺一并切除。可施行肺叶或脓胸全肺切除术，称为脓胸肺叶或脓胸全肺切除术。手术时创伤大，出血多，术前需严格评估适应证。术前给予营养和输血改善全身情况，术中补足大量失血。施行脓胸全肺切除术的患者如条件允许可作同期胸廓成形术；如患者不能耐受手术，可择期行胸廓成形术。
（4）胸廓成形术：胸廓成形术是切除患部肋骨，使胸壁塌陷，压缩消灭脓腔。现在常用改良的胸膜内胸廓成形术，仅在骨膜下切除脓腔顶部相应的肋骨和壁层胸膜纤维板。进入脓腔内清除脏层胸膜上的肉芽组织和脓性坏死组织后，将肋间束(包括肋骨骨膜、肋间肌、助间神经和肋间动、静脉)顺序排列固定在脏层胸膜纤维板上，然后缝合肌层和皮肤。由于肋间束血液供应丰富，肋间肌不会坏死。这种手术方法既保证了胸廓的萎陷，又保留了肋骨骨膜，使肋骨有再生的机会，因而保持了胸壁的稳定，减少反常呼吸运动和腹壁肌肉的松弛与异常的皮肤感觉。虽然胸廓成形术会造成一定的胸廓畸形，对患侧的肺功能也会造成损失，但对病期已久，胸部不易复原的慢性脓胸患者，仍是行之有效的治疗方法。
（5）脓腔清洁术：对难以耐受胸廓成形术，且其他治疗方法无效的脓胸患者，可行胸膜腔开放引流，反复清创，抗生素冲洗，控制感染，逐渐闭合胸腔。此法对于不合并支气管胸膜瘘的脓胸患者具有较好的效果，缺点在于治疗周期较长。
三、其他治疗
全身支持疗法改善患者营养状况，纠正患者的贫血和低蛋白血症，尽可能作些适当活动以增强体力。贫血严重的患者应行多次少量输血和进食高热量、高蛋白饮食。