下半夜咳嗽的原因是比较多的，因为人在睡觉的时候，支气管会受到肺部组织的压迫，支气管的管腔就会变形、变窄，呼吸道的敏感性就会增加，再加上呼吸道分泌物的刺激，咳嗽就会变的更加剧烈和频繁。
咳嗽主要是通过迷走神经传入咳嗽中枢，尤其是午夜前后，迷走神经的兴奋性会增高，如果气道黏膜存在炎症或者刺激性的因素，就会导致迷走神经兴奋，支气管平滑肌就会收缩，支气管就会发生痉挛，从而引发咳嗽的症状。
晚上睡觉的时候，张口呼吸会造成呼吸道黏膜的干燥，也会加重咳嗽的症状。
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