化脓性颌骨骨髓炎主要采用手术治疗，辅以药物治疗防术后感染；主要药物有阿莫西林、万古霉素及头孢地尼等，主要手术方式有切开引流术和死骨摘除术。该病需要长期持续性治疗。
一、药物治疗
1、阿莫西林：常用剂型有片剂、胶囊剂、颗粒剂、咀嚼片等。为β内酰胺类抗生素、青霉素类药。本品不同剂型、不同规格的用法用量可能存在差异，请阅读具体药物说明书使用，或遵医嘱。常见的不良反应有恶心、呕吐、腹泻及假膜性肠炎等胃肠道反应，还可见皮疹、药物热和哮喘等过敏反应。
2、万古霉素：可抑制细菌细胞壁的合成，对金黄色葡萄球菌、化脓链球菌、肺炎链球菌等作用强，万古霉素可以单独用药，也可以联合用药。药品口服不吸收，静滴时必须先用注射用水溶解，滴注时间不得少于1小时。静滴过快有皮肤反应，浓度过高可致血栓性静脉炎；肌注可致剧烈疼痛，故不可肌注；有严重耳毒性及肾毒性，故只宜短期用于抢救。
3、头孢地尼：对格兰阳性菌及隐形菌有良好的杀灭作用，通过阻滞细菌的细胞壁合成来杀灭细菌，常用剂型有片剂、胶囊剂、分散片等。为头孢菌素类。主要不良反应为消化道症状，如腹泻或腹痛；皮肤症状，如皮疹或瘙痒。对本品有休克史者禁用。对青霉素或头孢菌素有过敏史者慎用。
二、手术治疗
1、急性期：颌骨骨髓炎急性期除采用药物及物理疗法控制炎症的发展外，亦应采取积极措施以消除病灶或已形成的脓肿。故采用相应的外科手术治疗，可获得较好的效果。 急性颌骨骨髓炎的外科治疗包括切开引流、排脓及除去病灶牙。对急性中央性颌骨骨髓炎，一旦判定骨髓腔内有化脓病灶时，应及早拔除病灶牙及相邻的松动牙，使脓液从拔牙窝内排出，这样既可防止脓液向骨髓腔内扩散加重病情，又能减轻剧烈的疼痛。如经拔牙引流效果不好，症状也不减轻时，则应选用颌骨外板凿骨开窗法，以达到充分排脓，迅速解除疼痛的目的。如果颌骨内炎症已穿破骨板，形成骨膜下脓肿或颌周间隙蜂窝织炎时，除拔除病灶牙外还应在相应脓肿部位行切开引流术。 边缘性颌骨骨髓炎遇有严重张口受限时，拔牙常有一定困难，可先行颌周间隙脓肿切开引流，待炎症好转，张口度有改善后，再行拔牙。
2、慢性期：
（1）慢性颌骨骨髓炎的治疗 颌骨骨髓炎进入慢性期常有死骨形成，病变区肿痛反复发作且加剧，口腔内、外瘘孔持续或时多时少排脓，X线片常可明确死骨范围。此时单纯药物保守治疗已不可能根治，应以外科手术方法去除已形成的死骨和病灶，方能痊愈。
（2）慢性中央性骨髓炎，常常是病变范围广泛，由于颌骨内滋养血管因炎症而栓塞，易形成范围大小不同的坏死区，历时较久时则坏死骨组织与正常骨逐渐分离而形成较大死骨块，临床可见一侧甚至全下颌骨均形成死骨者。对死骨分离完全的病例，易将死骨块摘除；但死骨未完全分离者，则可在邻近死骨的正常骨侧切开或用线锯锯开，较早去除坏死骨可缩短病程。
（3）慢性边缘性骨髓炎，一般多侵犯密质骨，局部呈多处散在的鱼鳞状薄片死骨，骨外板粗糙，病变可在颌骨的外侧面，也可在内侧面，也可在颌骨体部，但多在下颌骨升支部。手术应将游离死骨块及变软的骨质刮净。
（4）部分病例炎症还可侵犯骨松质及骨密质，使之出现单个或相邻数个的腔洞状损害，多数腔洞病灶可在骨髓腔中互相通连，在病灶腔洞内则充满着大量的病理性肉芽组织。此时手术应以刮除病理性肉芽组织为主。
三、物理治疗
可用热敷、针灸、红外线等理疗的方式，控制炎症发展，缓解患者疼痛。