免疫组化是用标记的特异性的抗原或者抗体，对组织内的抗体或者抗原的分布进行检测，可以用来诊断和鉴别恶性肿瘤，确定转移性恶性肿瘤的原发部位，对某些肿瘤进行病理分型，明确软组织肿瘤的正确组织学分类，明确软组织的诊断，可以早期发现微小的转移灶，为临床的治疗方案提供支持。
临床上最为常见的乳腺癌来讲，ER以及PR分别代表雌激素受体和孕激素受体。阳性的患者预后要比阴性的患者要好，而且加号越多越好。对于两者是阳性或者一个阳性的患者可以考虑应用内分泌治疗，如口服三苯氧胺或者来曲唑可以延缓患者的生存期，减少早期的复发和转移。
HER2是一种原癌的基因，过度表达，表明患者的预后不好，也提示患者容易出现腋窝淋巴结的转移，一般其表达率越高，预后也就越差。但是如果FISH检测两个加号以上的患者，可以进行生物的靶向治疗，如赫赛汀。
对于E-钙粘附蛋白，是一种亚型，集中表达粘附连接，对于维持上皮细胞的完整性形态和组织结构起着重要的作用。它的表达，表明预后比较好。Ki67是反应细胞增生的一种增殖抗原，它的表达与乳腺癌的发生、发展有关，是不良预后的因素，数值越高，预后越不好。
P53基因是一种肿瘤抑制基因，突变率高的乳腺癌细胞，增殖活力强、分化差、恶性程度高、清晰性强、淋巴的转移率高。
