免疫组化并不是确定乳腺癌良、恶性的病理诊断方法，一般免疫组化的主要作用是对很难鉴别的良性和恶性组织做出特殊的蛋白染色，然后辅助诊断，免疫组化只是对于良性和恶性的分子分型做出明确诊断。

此外，对于没办法确定良性和恶性的组织标本，用常规的染色方法无法区别的情况下，也需要做免疫组化，加做特殊蛋白染色。根据这些特殊蛋白染色的结果，确定病变的良、恶性。确诊为良性和恶性主要靠HE染色大体标本的病理诊断。

免疫组化在病理学上是处在初步诊断以后，在做精确的分子分型的情况下，或者对于疑难病例，可能会加做免疫组化来明确诊断。