临床要根据患者的不同临床症状和病史选择合适的检查，有的患者需要做核磁共振检查，有的需要做CT检查，核磁共振检查目前几乎可以用于全身各个部位，常见的需要做核磁共振检查的情况如下：
1、中枢神经系统病变：包括脑和脊髓，核磁检查最先用于颅脑病变，对于先天性发育畸形、脑梗死、脑肿瘤、脑代谢性疾病、脑炎和脑脓肿具有明显优势。脑梗死早期CT上可能无改变，但核磁共振能检测到早期脑梗死，这一点优于CT。但如果怀疑有脑出血或脑外伤的患者，建议首选CT；
2、骨关节系统病变：可以显示骨质结构，比如骨折，首选还是X线或CT检查，但对于显示各部位关节软骨、韧带、肌肉损伤、骨挫伤、关节炎、椎间盘突出、椎管狭窄以及椎管内占位，核磁共振检查优于CT；
3、腹部疾病：包括肝脏、胆囊、胰腺、脾脏、双肾、肾上腺、膀胱及前列腺等器官病变，还有腹膜后各种病变及转移性病变，核磁共振具有优势；
4、生殖系统疾病：女性子宫、宫颈、卵巢肿瘤的诊断和分期、妊娠期胎盘位置及胎盘植入情况、胎儿发育情况评估，都可以选择磁共振，也可以选择超声检查。
此外，有一些病变不建议首选磁共振检查，如肺内病变、食管病变、胃肠道病变以及外伤等。当然，磁共振检查不是万能的方式，各种影像检查都有其优缺点，所以并不是每个部位都做核磁共振检查最好，要根据病情，由医生来选择适合的检查方法。
