核磁共振可以检查的疾病较多，身体各个部位都能通过核磁共振检查疾病、发现疾病，除了肺部属于含气器官，核磁共振信号比较弱，而其它实质性器官例如头颅、脊柱、脊髓、胸部心脏、腹部器官、骨骼等都可以通过核磁共振检查以明确诊断。
从疾病的种类而言，无论是先天畸形、后天疾病，都可以通过核磁共振的成像进行诊断，例如肿瘤、非肿瘤、心脏肿瘤、脊髓肿瘤、椎间盘突出、神经根压迫等，都可以在磁共振上非常明确看到。神经根压迫、血管走行、头颅脑梗等，在CT下未必能明确的显现，但在磁共振下能够清楚显现，血管瘤也可以通过磁共振检查得到显现。因此身体任何部位、任何种类疾病，包括先天疾病、后天肿瘤、炎症等，通常可以通过磁共振进行分辨，尤其是肿瘤与周边组织之间的关系，都可以在核磁共振的检查过程中显现。
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