平时工作中医生会根据患者的临床症状和病史选择合适的检查，有的患者需要做磁共振，有的需要做CT。除了胸部检查，骨外伤、大血管病变，核磁共振成像的分辨率都明显优于CT。磁共振能检查出很多的疾病，尤其是神经系统的疾病，比如早期脑梗死在CT上无法发现，但在磁共振上能够发现梗死部位以及梗死急性期、亚急性期、慢性期。
肿瘤患者做磁共振，能够明确肿瘤部位、大小、形态与周围组织关系，并且可以明确周围有没有转移，在这方面磁共振的分辨率是明显高于CT。对于关节类的软组织损伤，做磁共振也很有优势，可以显示关节内的半月板、韧带、关节软骨以及滑膜的情况。
但是做CT也有一定优越性，因为CT检查时间比较快，可能对患者的临床配合度要求要低，会根据患者不同情况选择合适检查。有一些带起搏器的患者，带电子耳蜗的患者或幽闭恐惧症的患者，不能做磁共振检查，临床医生也会做合适的筛选。
